Il Biodiesel è il sostituto naturale del gasolio minerale, trova quindi le sue applicazioni principali come combustibile negli impianti di riscaldamento o come carburante nei motori diesel; può far parte di alcune tipologie di oli lubrificanti.

Il Biodiesel come additivo per gasoli e keroseni, Il biodiesel possiedono buone proprietà lubrificanti. Il suo utilizzo come additivo riduce l'usura del motore e dei sistemi di iniezione. Specifici test (HFRR), mettono infatti in evidenza come il gasolio a basso contenuto di zolfo con l'aggiunta di specifici additivi e il medesimo gasolio con l’aggiunta del 20% in volume di biodiesel siano caratterizzati da proprietà lubrificanti molto simili. Conclusioni analoghe sono valide anche per i combustibili per jet, ove aggiunte del 1-2% di biodiesel già riducono sensibilmente l'usura degli ugelli. Il biodiesel, quindi si presenta anche come un interessante additivo a basso impatto ambientale per gasoli e keroseni.

Come si usa
Il Biodiesel non necessita di particolari precauzioni d'uso, ma è comunque necessario seguire alcune indicazioni, con l'avvertenza che quanto riportato non esaurisce i casi riscontrabili, e deve essere considerato un'indicazione generale e non un manuale di riferimento pratico.

Infrastrutture:
Per utilizzare il Biodiesel, si debbono mantenere le normali procedure usate per il gasolio convenzionale, stoccandolo in un luogo asciutto, pulito e senza eccessivi sbalzi termici. I serbatoi possono essere di acciaio, polietilene o poliproprilene fluorurato, mentre si consiglia di non stoccare il Biodiesel in serbatoi di cemento per l'azione disgregante che esplica verso questo materiale. Il Biodiesel ha un effetto solvente maggiore del gasolio, questo può provocare il distacco di depositi accumulati nei serbatoi o nei tubi che erano dedicati al gasolio. Questi depositi possono provocare inizialmente un'occlusione dei filtri; è quindi consigliabile verificare che i serbatoi di stoccaggio siano puliti prima di adibirli al Biodiesel.

Compatibilità dei materiali:
Il Biodiesel puro può provocare con il tempo il rigonfiamento ed invecchiamento d'alcune tipologie d'elastomeri e gomme naturali quali quelle butiliche. Sono necessarie quindi delle precauzioni, quali la sostituzione delle guarnizioni o dei tubi d'adduzione del combustibile, con materiali compatibili specialmente in quei campi d'utilizzo dove viene impiegato puro o in miscele superiori al 30%.